Winisis é a versão do CDS/ISIS com interface gráfica para o sistema operacional WINDOWS.

Essa versão é totalmente compatível com o CDS/ISIS para DOS, significando que todas as aplicações de ambas as versões podem trabalhar simultaneamente com as mesmas bases de dados.

O WinISIS permite uma relação com o usuário de forma mais direta e intuitiva. E procura trabalhar com os princípios de uma interface simples que facilita tanto a convivência com a versão DOS como a transição para o ambiente gráfico.

Além de todos os avanços que possibilita uma interface gráfica em WINDOWS, o WinISIS permite a manipulação simultânea de várias bases de dados, novos recursos de linguagem de formato como controle do tipo de fonte usado para formatação de caracteres, recursos de hipertexto, recursos de bases de dados, etc.

A versão para DOS foi desenvolvida em linguagem Pascal e o WinISIS foi reescrito em C++, possibilitando assim um alto grau de portabilidade.

A UNESCO e BIREME/OPS/OMS cooperaram no desenvolvimento do CDS/ISIS Dynamic Link Library (ISIS_DLL), uma ferramenta para o desenvolvimento de aplicações específicas baseadas em CDS/ISIS em ambiente Windows, usando linguagens de programação profissional como o Visual Basic, Delphi ou Visual C.